The difficulty I have run into is（私が直面している課題は…です）

run into にはいくつか意味がありますが、ここでは「予期せぬものに出くわす」という意味にフォーカスオンしたいと思います。

この「予期していないものに出くわす」という意味では、他に似たような表現として come across や encounter などがあります。

run into は difficulty(困難な事) や problem(問題) などと一緒によく使われます。

典型的には、何かしらのゴールに向かって作業をしているんだけど、予期せぬ課題や問題にぶつかってなかなか先に進めないよ、という文脈です。

例えばネイティブは The difficulty I have run into is …「私が直面している課題は…です」というように使います。

「私が直面している課題」と言うと、日本語的には多少大げさな語感がありますが、run into は、そこまで硬い表現ではないので気軽に使うことができます。

冒頭でもご紹介した come across や encounter も同じような文脈で使うことができます。