この手の表現を英語で言おうとするときは、形式主語の it を使うことを考えます。
日本語だろうと英語だろうと「この違いをもたらした原因」が主語になりますが、述部（不明だ）に比べて主語が長いため頭でっかちな文になってしまいます。
こういうとき、英語では形式主語の it の出番となります。
＜例文1＞
We asked them to take the logs because it is unclear what caused this difference.
訳）我々は彼らにログをとってくれるようお願いしました。なぜなら、この違いをもたらした原因が何なのか分からないからです。
例文1における what caused this difference のように文末に現れる主語（wh節）を「真主語」と云います。
このような形式的主語構文の典型的な形は、
It is ＋ 形容詞 ＋ ( for 人) ＋ 真主語(that節、wh節など)
となります。
＜例文2＞
It was too difficult for me which university I should have chosen.
訳）どの大学を行くべきかを決めることは私にとっては非常に難しいことでした。