「～に問題がある」と言い切る英語表現は、There is a problem with/in ～ です。
There is a problem with/in ～
＜例文1＞
There is a problem with the system.
訳）そのシステムには問題がある。
これと似たような表現として、There is something wrong with/in ～という言い方もあります。
There is something wrong with/in ～
＜例文2＞
There was something wrong in my TV a couple weeks ago.
訳）私のテレビは数週間前、調子が悪かった。
※something は特殊なタイプの名詞で、形容詞で修飾する際は、後ろに形容詞を置きます。anything や nothing など -thing と付くものは必ずこうなります。
×： wrong something
○： something wrong
次に、＜例文1＞を「～に問題がある」と言い切らずに、「～に問題がありそうだ」と言い換えてみましょう。この方が使う機会が多いのではないかと思います。
There seems to be a problem with/in ～「～に問題がありそうだ」
＜例文3＞
There seems to be a problem with the system.
訳）そのシステムには問題がありそうだ。
There is a problem の there のすぐ後ろに seems to が挿入されて、これはto不定詞を作りますので、is は be に変化します（原形になる）
また、これと似たような表現として、There can/could/might be a problem with/in ～という言い方があります。これらも使い分けて、微妙なニュアンスを変えてみるといいでしょう。
There can/could/might be a problem with/in ～
＜例文4＞
There might be a problem in its firmware.
訳）そのファームウェアに問題があるかもしれない。
最後にもう1点だけ。
ご存知のとおり seem to be で「～であるように見える」を意味するわけですが、これと全く同じアイデアをを副詞の seemingly を使って表現することも可能です。この手の副詞は文頭に使うことが多いです。
Seemingly
＜例文5＞
Seemingly, there is a problem with the system.
訳）どうやら、そのシステムには問題がありそうだ。