It’s there と言ったら「それはそこにあるよ」という意味になりますね。
there というのは話し手からちょっと距離がある場所を指しています。
up there と言ったら「そこ」は「そこ」なんだけど、上のほうにある「そこ」を意味します。
このように there や here の前に up や down、right などを付けてより詳しい説明を加えるという表現の仕方は日常会話の中ではとても良く出てきます。
<例文1>
It’s up there.
訳)それは上の方にあります。
例えば、down there(here) は「下のほうにあるそこ(ここ)」を意味しますし、right there(here) は「ちょうどそこ(ここ)」を表現します。
around there(here) と言ったら「そこ(ここ)らへん」という意味になります。
職場で It is up there を聞く典型的なシチュエーション は、みんなでプロジェクターによって映し出されたパワーポイントの資料などを見ているときに、「それ(今話題にしていること)はそこの上のほうにあるよ」という文脈です。
ちなみに up there は、上のほうにある世界ということで比喩的に「天国」や「あの世の世界」=the other side を意味することもありますので、この意味もあわせて覚えておくと良いでしょう。