このような英語表現は結構難しい部類に入ると思います。
なぜなら目的語が2つ（温度、5度）あるように見えるからです。たぶんTOEIC800点くらいの人でも正しく英作文出来る人は少ないのではないかと思います。
こういう場合は『程度の by』 を使うことを考えてみてください。２つある目的語のうちの片方を前置詞の by の目的語にします。
after lowering A by B: 『AをBだけ下げることによって』
＜例文1＞
After lowering the surface temperature by 60, the defect became the same level as the predecessor.
訳）表面温度を60度（だけ）下げることによって、そのディフェクトは前任機と同じレベルになりました。
After doing の代わりに“ by doing ”を使う手もありますが、すぐ後ろに程度の by を使いたいので、after doing の方がきれいにまとまるでしょう。
程度の by は訳すとすると『～だけ』とか『～ずつ』という意味になります。慣用句的に使われる day by day （日に日に）とか、step by step（一歩ずつ）などと同じ用法です。